Пресловутое «дело трансплантологов», инспирированное московской прокуратурой в апреле 2003 года, едва не похоронило всю отрасль целиком. Ведущие дело следователи практически не скрывали, что основной их целью является институт Шумакова. Валерий Иванович тяжело переживал неожиданный удар и считал делом чести доказать полную безосновательность обвинений и невиновность врачей.